碳排放权交易体系中，由政府主管部门对纳入体系内的控排企业分配碳排放配额，碳排放权分配类型大体分为免费分配和有偿分配两种，其中免费分配方法包括基准线法、历史强度法和历史排放总量法，有偿分配可以采用拍卖或者固定价格出售方式进行。
免费分配
免费分配是政府主管部门将碳排放权免费发放给控排对象，可根据基准线、历史强度和历史排放总量三种不同方式划分为三种分配方法：
（1）基准线法
50 基准线即“碳排放强度行业基准值”，是某行业的代表某一生产水平的单位活动水平碳排放量，主要用于碳排放权交易机制中的配额分配，是基准线法的主要依据。基准线法又称为标杆法，指基于行业碳排放强度基准值分配配额。行业碳排放强度基准值一般是根据行业内纳入企业的历史碳排放强度水平、技术水平、减排潜力以及与该行业有关的产业政策、能耗目标等综合确定。基准线法对历史数据质量的要求较高，一般根据重点排放单位的实物产出量（活动水平）、所属行业基准、年度减排系数和调整系数四个要素计算重点排放单位配额。基准线法有利于激励技术水平高、碳排放强度低的先进企业。凡是在基准线以上的企业，生产得越多配额的富余就越多，就可以通过碳市场获取更多利益。相反，经营管理不好、技术装备水平低的企业，若是多生产，就会带来更多的配额购买负担。
（2）历史强度法
历史强度法是指根据排放单位的产品产量、历史强度值、减排系数等分配配额的一种方法。市场主体获得的配额总量以其历史数据为基础，根据排放单位的实物产出量（活动水平）、历史强度值、年度减排系数和调整系数四个要素计算重点排放单位配额的方法。如中国部分试点采用的是以前几个年度的二氧化碳平均排放强度作为基准值，该方法介于基准线法和历史总量法之间，是在碳市场建设初期，行业和产品标杆数据缺乏的情况下确定碳配额的过渡性方法。
（3）历史排放总量法
历史排放总量法也称为“祖父法”，是不考虑排放对象的产品产量，只根据历史排放值分配配额的一种方法，以纳入配额管理的对象在过去一定年度的碳排放数据为主要依据，确定其未来年度碳排放配额。
有偿分配
（1）拍卖
碳配额拍卖是指政府主管部门通过公开或者密封竞价的方式将碳排放配额分配给出价最高的买方。碳配额拍卖是一种同质拍卖，即竞拍者对同一种商品（配额）在不同的价格水平上提出购买意愿，最终以某种机制确定成交价格。配额拍卖的来源主要是除免费配额之外的部分以及储备配额。
（2）固定价格出售
此方式是政府主管部门综合考虑温室气体排放活动的外部成本、温室气体减排的平均成本、行业企业的减排潜力、温室气体减排目标、经济和社会发展规划以及碳排放权交易的行政成本等因素，制定碳排放配额的价格并公开出售给纳入碳体系的控排主体。
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